关于这次瘟疫的源头，历史学家们说法不一。一些较新的研究成果表明，黑死病起源于俄罗斯南部、顿河的入海口附近即使在今天，人们仍会偶然在这里遭遇危险。但更多的学者认为，黑死病是蒙古人从中国带来的，并将其当成了东西文明交流中的典型案例。
但有一点毋庸置疑，在黑死病的传播中，蒙古人扮演了重要角色。但和很多人想象的不同，直接制造瘟疫的并不是成吉思汗的大军，而是他的后代们建立的金帐汗国。在黑死病爆发的14世纪，金帐汗国已皈依伊斯兰教。怀着宗教热情和对战利品的渴望，他们开始进攻黑海沿岸的基督徒商站。
金帐汗国领土示意图，其位置在今天的亚欧大陆交界处和中亚地区 1346年秋天，他们包围了卡法（Kaffa）意大利人在当地的一个重要据点。但在围攻中，蒙古人的攻城武器投掷的不是石块，而是病死者的尸体。作为一种传统战术，蒙古人清楚地知道：石块只能砸死几个行动不便的小角色，但瘟疫却可以彻底击垮守军。
事实上，黑死病完全可以被看做是人为谋划的产品，只是它的后果远远超出了蒙古人的预料。当1347年的春天到来时，难民纷纷搭乘船只逃离了卡法于是，黑死病也被带往了更遥远的区域。
阿拉伯绘画中蒙古军围城的景象，在围攻卡法时，他们抛进城内的不是石弹，而是病死者的尸体 在目的地，黑死病很快找到了传播的乐土：虽然中世纪常被形容为黑暗愚昧的时期，但随着经济的发展，在14世纪，这片土地已经处在了变革前夜：当地的商品经济极为繁荣，海船航线纵横交错，编织出了一个东至黑海、北到英格兰，囊括了整个地中海的贸易网络于是，欧洲的人们在无意间被捆绑在了一起。
经济的发展还带来了人口的快速增长，公元1000年时，欧洲的人口大约是3800万，在随后的300多年里，它几乎以每个世纪1000万的数字持续增加，到1340年时已经突破了7500万大关。这带来了许多副作用：比如人们的居住环境愈发拥挤。另外，它还导致了严重的人地矛盾作为结果，粮食进口贸易变得异常发达，商队的足迹经常从沿海延伸到内陆甚至连偏远的山村乡镇，都会在不经意间成为商道上一个重要环节。
