黑死病如此可怕，导致中世纪的人们将它当成了上帝的惩罚。但从科学角度，黑死病其实并不神秘。作为鼠疫的一种，它由耶尔森氏菌引起，并通过跳蚤传播于啮齿类动物（比如老鼠）之间。当居民点附近的鼠类携带了这种病菌时，瘟疫就会随之出现。
黑死病传播示意图：鼠-跳蚤-人 和今天人人喊打的情况不同，在当年的欧洲，每一户家庭和每一艘商船上都有几群老鼠筑巢安家，人们对它们的存在完全不以为意。
从某种意义上说，鼠类既是黑死病的传播者，也是受害者：它们会在感染细菌后成批死去，但这种情况也会加速黑死病的传播。在失去宿主后，寄生在家鼠身上的跳蚤就会迁移到人类身上，并开始大肆散布病菌：约1-2天后，鼠疫会从叮咬的部位向其它区域传播，此时，感染者的淋巴结会急剧肿胀，最常见的位置在腹股沟、大腿、腋窝或颈部。接下来，约80%的感染者会在5天内死亡；只需要3-4周时间，黑死病便会杀死城镇内的一半居民。
中世纪绘画：感染黑死病的患者，注意他们身上的肿块 一个例子发生在英格兰的彭里斯城（Penrith），1597年，一名叫安德鲁霍格森的外地人突然在街道上倒毙。在他死后22天，彭里斯全城便陆续出现了黑死病的病例，最终该镇有超过50%的人口死于非命。随后，许多居民会逃离城市，并倒毙在几十公里外的另一个地区。期间。他们的衣服、行李中的跳蚤也将倾巢而出，去寻找下一个宿主这种传播模式又被称为迁移传播，令瘟疫像水面的涟漪一样向四周扩散而去。
令问题雪上加霜的是，居民得知疫情发生往往为时已晚。按照中世纪时一些作家的说法，尽管黑死病致死率极高，但人们的反应却非常迟钝：无论农村还是城镇，人们经常是在瘟疫爆发之后才意识到局面的严峻。
黑死病肆虐的城镇，由于信息传播还不如病菌传播快，等到瘟疫爆发时，一切通常为时已晚 耐人寻味的是，之前的欧洲并非没有经历过鼠疫的折磨。自从有文字记录以来，小股的瘟疫袭扰始终不绝于史册，但14世纪的黑死病却超出了欧洲社会的应对能力。这种情况之所以出现，又和当时的社会环境不无联系。
