在《圣女战旗》中，共有5种基础兵种，分别是线列步兵、轻步兵、重骑兵、轻骑兵和炮兵，且各兵种间有着明确的克制关系。如何善用各兵种之间的克制关系排兵布阵，高效地赢得战斗，是战棋游戏最重要的乐趣。
线列步兵
线列步兵毫无疑问是拿破仑时代战争的主角，由于火枪精准度的限制，只有密集成排的步兵齐射才能制造有效杀伤，这一历史原因催生了采用所谓排队枪毙战法的兵种。《圣女战旗》中的线列步兵也延续了这种特色，当多组线列步兵相邻时将获得攻击与防御力的加成。
《圣女战旗》的主角波利娜波拿巴就是一位线列步兵指挥官，她和那位声明显赫的兄长一样出身科西嘉岛，凭借卓越的军事天赋进入军校，年纪轻轻就经历了战火的洗礼。而在前往土伦探望哥哥时，她再次卷入了战争，也就此拉开了《圣女战旗》故事的序幕。
重骑兵
如果说轻骑兵是善于高速奔袭的收割者，穿着重甲的重骑兵就是擅长在胶着的阵线上打开缺口的重锤。拿破仑时代的重骑兵穿着胸甲，在骑兵间的对决中有着很大优势，同时他们齐头并进的冲锋具备极强杀伤与威慑能力，表现在游戏中就是有着在移动后增加攻击力的技能效果。
在立绘中穿着骑兵胸甲的欧斯卡展现了胸甲骑兵的标准形象，这位贵族少女曾是皇家骑兵团的一员。她为了救出身陷囹圄的家人，加入国民卫队中寻找机会。
轻步兵
轻步兵原本是未经严格训练，无法如线列步兵一样整齐行动的部队，但在装备有射击精度更高的线膛枪后，他们可以利用射程和精度优势，在侧袭中压制敌方的线列步兵。游戏中的轻步兵也具有这一优势，除了可以克制线列步兵之外，从侧翼或背后展开攻击将具有攻击与回避加成。
在游戏主线剧情中，情报人员出身的阿德莱德就是一名轻步兵指挥官。她曾经为皇室服务的机密组织的成员，因为从小接受相关训练的关系，擅长化妆跟踪、开锁等技能。如果想了解巴黎街头巷尾的传闻，她是个合适的咨询对象。
炮兵
炮兵作为新时代的产物，在战场上可以做到远距离压制敌人，在不受反击的情况下削减敌方士兵数量。如果能够提前布置好再进行开火，更是可以制造更多杀伤。当然，炮兵也有着移动力低下，面对近距离攻击不堪一击的特点，如何在敌方环伺下保护好他们是发挥炮兵作用的关键。
罗丝德博蒙特是第一位在游戏中登场的炮兵指挥官，她是革命前就在军中任职的贵族将领，曾征战多个战场，有着卓越的指挥能力，也受到部下的爱戴。但由于她的贵族出身，在军中受到不公的对待，不过即便如此她对祖国的忠诚也没有丝毫变化。
以上五大基础兵种在游戏中存在着互相克制关系，线列步兵的密集枪阵足以抵御重骑兵的冲击，轻步兵利用侧翼袭扰战术和武器精度优势可以杀伤步兵阵列，轻骑兵的高机动性让他们能收割防御不足的散兵队，重骑兵的胸甲足以在骑兵内战中发挥优势，而作为特殊存在的炮兵则可以在远距离压制敌人，但近距离面临任何部队时都无比脆弱。
